Objetivo: Analizar el gen dhaT, uno de los responsables de la producción de 1,3-propanodiol (1,3-PD), en dos cepas nativas de Clostridium. Materiales y métodos: El gen dhaT fue amplificado por Reacción en Cadena de la Polimerasa, por medio de cebadores específicos diseñados a partir del operon de Clostridium butyricum VPI1718. Herramientas bioinformáticas como BLASTN, ORF finder, BLASTP y ClustalW se usaron para determinar la identidad de la secuencia y asignarle una función. Resultados: Se obtuvieron productos de amplificación de DNA a partir de cepas nativas Colombianas de Clostridium sp. (IBUN 13A y IBUN 158B) y de la cepa Clostridium butyricum DSM 2478, que posteriormente fueron secuenciados. De acuerdo a los análisis bioinformáticos de las secuencias mencionadas, se encontró un alto grado de similitud con el gen dhaT de diferentes especies bacterianas.El más alto porcentaje de identidad se obtuvo con la cepa Clostridium butyricum VPI 1718. Conclusión: El conocimiento de la estructura física del operón 1,3-PD en cepas nativas, abre las puertas al desarrollo de estrategias genéticas y de ingeniería metabólica para mejorar la productividad del proceso.Palabras clave: 1,3-propanodiol, 1,3-propanodiol deshidrogenasa, gen dhaT, operón 1,3-propanodiol.

We designed a strategy for the sequencing and bioinformatical characterization of the 1,3-propanediol operon regulator genes from the Colombian Clostridium sp. strain IBUN13A, which is taxonomically related to Clostridium butyricum. Three genes are proposed to be involved in the operon’s transcriptional activity, the dhaS and dhaA genes through a two-component system and the third gene named dhaY, which encodes a putative transcriptional regulator similar to the domains of the dhaS/A system. Phylogenetic analyses indicated that the predicted proteins had a modular structure consisting of domains homologous to different signal transduction systems, but had significant differences concerning their conserved residues, pointing to the possibility that they constitute ancestral domains. In accordance with the prediction of functions, we propose a mechanism of regulation of the proteins studied of the 1,3-propanediol operon of the native strain, as a response to the presence of glycerol in the medium, which provides valuable information on the overall regulation of the glycerol metabolism in Clostridium sp.

76 cepas de las familias Enterobacteriaceae y Pseudomonadaceae fueron conservadas por el método semistock en papel filtro y 68 de las mismas por el método stock de criopreservación, en el banco de cepas y genes del Instituto de Biotecnología de la Universidad Nacional de Colombia (IBUN). La eficacia de los métodos de preservación se realizó mediante la evaluación de la viabilidad a las 24 horas de conservación y fue calculado el porcentaje de recuperación. En conclusión, la preservación en papel filtro y criopreservación son adecuados métodos semistock y stock, respectivamente; ya que el 73.7% de los microorganismos de la familia Enterobacteriaceae y el 82.3% de los microorganismos de la familia Pseudomonadaceae, presentaron un porcentaje de recuperación mayor al 50%. Por otra parte, se implementó una base de datos elaborada en el software Access ®, la cual se implemento con éxito en el IBUN y en la página Web de la Universidad Nacional de Colombia en la dirección electrónica www.ibun.unal.edu.co/instituto/cepario , que esta disponible al público en general.

76 strains of the family Enterobacteriaceae and Pseudomonadaceae were conserved by filter paper semistock method and 68 strains by Cryopreservation stock method in the bank of strains and genes of Biotechnology Institute of the Universidad Nacional de Colombia (IBUN). The effectiveness of methods was tested for the viability at 24 hours after preservation and was calculated the recovery percentage. Thus in conclusion, the preservation in paper filter and cryopreservation are suitable semistock and Stock methods, respectively; because 73.7% of family Enterobacteriaceae microorganisms and 82.3% of family Pseudomonadaceae microorganisms, presented a high recovery percentage greater 50%. In addition, was implemented a strain bank data base made in software Access ®, in Biotechnology Institute and Universidad Nacional de Colombia Web page www.ibun.unal.edu.co/instituto/cepario . It is available for general public.