Introducción: la desnutrición, el parasitismo intestinal y la anemia son graves problemas de salud, estos comparten factores de riesgo y se manifiesta en forma conjunta, principalmente en grupos con condiciones de vida de alta vulnerabilidad como los niños indígenas. Objetivo: determinar la prevalencia de parasitismo intestinal, desnutrición y anemia, y su asociación con condiciones de vida, en niños emberá-chamí de Colombia. Materiales y métodos: estudio descriptivo transversal y prospectivo con 184 niños. Se aplicó una encuesta sobre condiciones de vida y se realizaron mediciones antropométricas, hemograma, ferritina y parásitos intestinales por los métodos directo y de concentración formol-éter. Los datos se analizaron en SPSS 21, Anthro y Anthro plus, con frecuencias, medidas de resumen, chi cuadrado de Pearson, exacta de Fisher, U de Mann Whitney y t Student. Resultados: el 76% tienen viviendas con piso de cemento, 53% alcantarillado y 26% pozo séptico. El hacinamiento domiciliario afecta a 35% de las familias, la mediana de los ingresos monetarios familiares mensuales fue US$ 133 (48% del salario mínimo mensual). Se halló ferropenia en 2%, anemia en 13%, desnutrición global o en riesgo de desarrollarla 17%, desnutrición crónica 8% y en riesgo de desnutrición crónica 21%. La prevalencia de parasitismo intestinal fue de 93,5%, la prevalencia de parásitos patógenos fue 83,4% siendo mayor en niños con desnutrición global y crónica, cefalea y con dolor abdominal. Conclusiones: este estudio contribuye a los objetivos plasmados en Iniciativa de Salud de los Pueblos Indígenas de las Américas. El resguardo presenta altas prevalencias de parásitos intestinales, anemia y desnutrición y sus principales factores de riesgo, lo que evidencia la necesidad de mejorar programas de educación, atención en salud, control y seguimiento, dadas las graves consecuencias de estas infecciones y enfermedades en la salud individual y colectiva.