Los semilleros como estrategia pedagógica para la formación en investigación son espacios eficaces para el fomento de la cultura de la ciencia y la investigación en estudiantes universitarios, que logran en estos complementar los conocimientos y habilidades de sus estudios profesionales. El objetivo del artículo es identificar las lecciones aprendidas y desafíos en los procesos de transferencia de conocimiento y formación de capacidades a partir de la experiencia de un semillero de investigación de la Universidad Militar Nueva Granada. Se desarrolló una investigación con enfoque cualitativo, a partir de entrevistas realizadas a docentes involucrados en el semillero y la aplicación de cuestionarios a estudiantes que han estado vinculados. Se encontró que es necesario fomentar el uso de una segunda lengua y de herramientas tecnológicas para trabajo colaborativo. Se concluye que la propuesta pedagógica del semillero estudiado facilita la formación en investigación, pero la Universidad no tiene una política de retención.