El desarrollo de estrategias diferentes al uso de agroquímicos en la agricultura ha abierto nuevas posibilidades a la investigación con microorganismos como alternativa en control biológico debido a sus capacidades bioquímicas y la facilidad de su manejo para la protección de cultivos. El objetivo del presente estudio fué establecer el efecto biocontrolador de Bacillus spp., frente a Fusarium sp., bajo condiciones de invernadero en tomillo. La metodología incluyó el aislamiento del posible patógeno que estaba causando marchitez vascular y pérdidas en la producción, su identificación por claves taxonómicas, pruebas de antagonismo directo en placa en donde se evaluó el radio de crecimiento de la colonia, porcentaje de inhibición y tasa de crecimiento, ensayos bajo condiciones de invernadero en plantas de tomillo con evaluaciones cada 5 días durante 1 mes por escala de severidad. Finalmente, se confirmó la presencia del patógeno en un segundo aislamiento para confirmar los postulados de Koch. Los resultados mostraron que el causante de la enfermedad era el hongo Fusarium pseudonygamai y en las pruebas de antagonismo que el tratamiento con Bacillus UCMC (B2) resulto tener el mejor efecto biocontrolador in vitro y bajo condiciones de invernadero contra Fusarium sp., por presentar mayores porcentajes de inhibición, raíces más largas, mayor peso seco y disminución o ausencia de síntomas de la enfermedad. Se concluyó que de los microorganismos en estudio, Bacillus UCMC (B2) tuvo el mejor potencial biocontrolador bajo condiciones de invernadero contra Fusarium sp., en plantas de tomillo.