Objetivo. Determinar la calidad microbiológica del agua usada en las unidades odontológicas de una clínica universitaria en Bogotá, mediante los indicadores microbiológicos coliformes totales, Escherichia coli, Enterococcus y Pseudomonas. Métodos. Se tomaron muestras de agua de la pieza de mano y de la jeringa triple en 9 unidades odontológicas y tres muestras de los tanques de suministro de agua para un total de 21 muestras. El recuento de microorganismos se realizó mediante la técnica de filtración por membrana. Se aislaron algunos microorganismos presentes en las diferentes muestras a través del kit de pruebas rápidas BBL CRYSTAL. Resultados. El agua no cumple con la Resolución 2115 de 2007 que reglamenta las normas del agua apta para consumo humano. Se aislaron bacterias importantes como Shigella sp. (microorganismo productor de la disentería e indicador de contaminación fecal), Klebsiella y Pseudomonas. Se sugiere implementar medidas correctivas y/o preventivas para minimizar la contaminación y mejorar la calidad del agua usada en estas unidades odontológicas.