Cordia alliodora es un árbol muy conocido como productor de madera en zonas tropicales de América Latina y el Caribe; se caracteriza por producir una valiosa madera y presentar crecimiento rápido. En Colombia, es frecuente en sistemas agroforestales con café. Como la mayoría de especies forestales, esta especie presenta problemas biológicos para programas de mejoramiento genético como los largos periodos de regeneración y los altos costos a la hora de mantener una población a largo plazo. Los programas de selección asistidos con marcadores moleculares han tenido un gran impacto en el mejoramiento genético, debido a que minimizan los intervalos de regeneración, incrementan la ganancia genética por generación y permiten la evaluación de la información genética esencial para las especies. En el presente trabajo, se caracterizaron sesenta individuos de C. alliodora pertenecientes a los ensayos de procedencias y progenies establecidos en el programa de mejoramiento genético de Cenicafé. La caracterización se realizó a través de marcadores microsatélites, después del desarrollo de una librería genómica enrriquecida con microsatelites de la especie. Finalmente, se evaluaron veinticuatro microsatélites específicos, de los cuales veinte permitieron detectar veintiocho loci polimórficos y multialélicos. Estos resultados ofrecen una guía para orientar las políticas de producción sostenible y conservación de esta especie de valiosa madera, así como una herramienta  para la identificación de clones con interés comercial.