Este estudio tuvo como objetivo evaluar el crecimiento inicial de tres clones de caucho (Hevea brasiliensis) (FX 4098, FDR 5788, y el testigo IAN 873) en cuatro sistemas de siembra con copoazú (Theobroma grandiflorum) y plátano Hartón (Musa AAB) en dos localidades de Caquetá (Amazonia colombiana). En cada zona se siguió un diseño de bloques completos al azar con tres repeticiones y un arreglo en parcelas divididas, el cual se analizó mediante un modelo lineal general mixto. En los años 1 y 2 después del establecimiento del cultivo de caucho se evaluaron los índices de crecimiento: altura total (AT), circunferencia del tronco (CT), área de copa (AC) e índice de área foliar (IAF). CT fue la variable que más se correlacionó con los distintos índices de crecimiento (r ≥ 0.94). La variación temporal y clonal, así como el sistema de siembra implementado fueron los factores que más influyeron en los cuatro índices de crecimiento (p < 0.01). Solo hubo diferencias significativas entre las dos localidades para AC (p < 0.05). La interacción clon x sistema fue significativa para IAF (p < 0.01). Luego de 2 años, los mayores índices de crecimiento se observaron en el clon FX 4098 (AT = 4.43 m; CT = 13.00 cm; AC = 4.62 m2; IAF = 1.37), y en dos de los tres sistemas agroforestales (AT ≥ 4.08 m; CT ≥ 11.43 cm; AC ≥ 4.01 m2; IAF ≥ 1.54) en comparación con el sistema testigo (monocultivo).