Las bacterias metanogénicas, se encuentran ampliamente distribuidas en la naturaleza en ambientes anoxigénicos, obtienen su energía medíante la producción metabólica de gas metano, son reductores de sulfatos por el acetato y el hidrógeno disponibles para su supervivencia, a través de procesos de hidrólisis y acetogénesis; además son esenciales en la degradación anaerobia de la materia orgánica en la naturaleza. El objeto de este proyecto fue aislar y caracterizar fenotípicamente la biota presente en la fase metanogénicas presente en un sistema DI-FAFS, operado con lixiviado, estiércol porcino y aguas residuales ubicado en los laboratorios de ingeniería ambiental de la Universidad de Pamplona Norte de Santander, Colombia. El procedimiento incluyó la toma de muestra desde los biodigestores, aislamiento en medios modificados específicos selectivos, caracterización macroscópica y microscópica con coloración de Gram e identificación metabólica, fenotípica y verificación de producción de metano medíante prueba piloto. Se pudo establecer la presencia de bacterias metanogénicas, presuntivamente de los géneros Methanobacterium spp y Methanococcus spp a partir de las muestras seleccionadas para el estudio. Se ultimó que la temperatura variable para la producción de metano en medio modificado fue de 28°C, donde se obtuvo un mayor porcentaje de eficiencia del biogás en estudio alrededor 0,375 cm3 CH4/Día.