La inflamación de las glándulas mamarias produce un descenso en la síntesis de los diferentes componentes de la leche, como respuesta para neutralizar agentes infecciosos, reparar el epitelio alveolar y retornar a la función normal. En la mastitis clínica y subclínica, hay un aumento del número de células somáticas cuya función es fagocitar, lisar a los patógenos, remover los deshechos producidos en el foco de infección mediante enzimas bacterianas que se incorporan a la leche reduciendo la vida útil de los diferentes derivados. El objetivo de esta investigación fue evaluar el efecto de la mastitis subclínica sobre el rendimiento del queso costeño. Se realizó un estudio observacional transversal, en una empresa ganadera con dos grupos, seleccionando cinco cuartos con resultados grado 3 del CMT y 5 cuartos con reacciones negativas al CMT. Se minimizó la variabilidad por raza y lactancia. Los análisis fisicoquímicos se efectuaron por triplicado y se llevaron a cabo, teniendo en cuenta los métodos referenciados, el RCS se realizó en un contador electrónico de células somáticas. Los resultados de la calidad fisicoquímica de la leche con y sin mastitis, se compararon por medio de la prueba t-Student y se procesaron en el software SAS 9.0. Los quesos elaborados con leches sin mastitis subclínicas mostraron un 5.8 % de mayor rendimiento sobre los quesos elaborados con leches provenientes de vacas con mastitis subclínica. El rendimiento de la leche en la elaboración de queso costeño está directamente relacionado con el número de células somáticas.