La palma de aceite llegó a Colombia hacia la década de 1940, con materiales de siembra tipo Dura. Los cruces realizados generaron progenies que fueron establecidas en las diferentes zonas productoras del país. Sin embargo, después de varias décadas, se reconoce que la utilización de dichos genotipos podría haber sido mayor. En consecuencia, Cenipalma estableció actividades conducentes a identificar la mayoría de tales materiales Dura y, sobre lo que se encontró, realizar evaluaciones moleculares para conocer la variabilidad genética de las poblaciones y las relaciones entre los individuos, con el fin de recuperar poblaciones y emplear algunos de los individuos disponibles, como parentales en cruces controlados. Así, en el presente artículo, se reportan los resultados de la caracterización molecular, mediante la técnica de amplificación de loci microsatélites, de 80 individuos, correspondientes a 13 poblaciones de palma de aceite tipo Dura. Se concluye que, con base en su similitud genética, dichas poblaciones pueden ser clasificadas en dos grandes grupos y que es posible reconstruir en gran medida las poblaciones originales con los materiales actuales. Además, se encontró que la variabilidad genética entre las poblaciones (interpoblacional) es mayor que la encontrada dentro de cada población (intrapoblacional).