Debido a la utilización extensiva de productos químicos para el control de la enfermedad llamada añublo bacterial, la cual ha provocado la emergencia de patógenos resistentes, se promueve la búsqueda de alternativas viables que garanticen mayor sostenibilidad, por lo que los aceites esenciales de cascara de naranja dulce y limón criollo se propone como  alternativa fitosanitaria para el control del añublo bacterial de la panícula del arroz.En Colombia las enfermedades por bacterias causan entre 80 a 90% de pérdidas en producción de arroz. La bacteria Burkholderia glumae y Burkholderia gladiolis están asociadas como las causantes de esta enfermedad. Por lo cual el objetivo fue determinar el efecto antimicrobiano de los aceites esenciales de cascara de Naranja dulce y limón criollo como control en el añublo bacterial de la panícula del arroz. La extracción de los aceites esenciales se realizó mediante hidrodestilación asistida por radiación de microondas, estos se caracterizaron por cromatografía de gases, los bioproductos se encontraban en dos estados, fresco y seco a 45 °C, llevadas a ensayos MTT, analizando los resultados por medio de ANOVA y prueba de Tukey. Esto arrojo una inhibición del 100 % a 4000 ppm, presentando el aceite esencial de cascara de naranja seca la mejor actividad inhibitoria para B. gladiolis, por el contrario, para B. glumae el aceite esencial de limón fresco fue el de mayor inhibición. Con esto se muestra que los bioproductos evaluados son una alternativa fitosanitaria para contrarrestar la enfermedad y así disminuir pérdidas causadas por estas bacterias.