El Coeficiente de Concordancia de Kendall (CCK) es una prueba estadística que permite establecer el grado de similitud de un grupo de variables, para las cuales, la magnitud se encuentra expresada en rangos o números ordinales. A través de una modificación en su escala de evaluación, y una redefinición de los términos que lo constituyen, este coeficiente puede ser usado como un indicador de calidad del agua. En el presente estudio se usó el CCK modificado (CCKM), con el objetivo de evaluar el grado de contaminación orgánica de la Ciénaga de La Virgen (una laguna costera localizada en el Distrito de Cartagena de Indias, Colombia). La evaluación se realizó durante el periodo 2011-2014 para poder observar los cambios experimentados en este cuerpo de agua, luego de la entrada en operación del Emisario Submarino, en el año 2013. El CCKM fue estimado en 5 estaciones de calidad del agua, para 5 diferentes combinaciones de las variables: Demanda Bioquímica de Oxígeno―DBO, Coliformes termotolerantes, Sólidos suspendidos totales y Amonio. Estos escenarios se usaron para establecer el nivel de influencia que tiene cada parámetro sobre el indicador. Como medida cuantitativa de esta sensibilidad se utilizó la prueba estadística Raíz del Error Cuadrático Medio―RMSE. Los valores del CCKM estuvieron en un rango de 25.72 a 0.36. Las cifras más altas fueron registradas durante el periodo 2011-2012, y representarían una muy mala calidad del agua. Las cifras más bajas del coeficiente fueron observadas a partir del año 2013, y describen una calidad del agua óptima. Estas variaciones espaciotemporales en los niveles de contaminación de la ciénaga, se encontraron acordes a las registradas en estudios previos. El análisis de sensibilidad, por su parte, reveló que la DBO es la variable más sensible dentro del índice (RMSE= 5.19). En conjunto, estos resultados sustentan el uso del CCKM como herramienta de evaluación de la calidad de las aguas estuarinas.