Introducción. La criptosporidiosis es una enfermedad emergente causada por protozoarios del género  Cryptosporidium, afecta un amplio rango de vertebrados incluyendo al hombre, su prevalencia oscila entre el 4-6% en centro y sur América y puede llegar a causar la muerte en pacientes inmunosuprimidos, por lo que es considerada un problema de salud pública en todo el mundo. Se hace necesario implementar y evaluar estrategias de detección y tipificación de las distintas especies de Cryptosporidium, para adoptar medidas de control y seguimiento. Objetivo. Realizar una comparación de métodos microscópicos y moleculares para la detección y tipificación de las especies  de Cryptosporidium, con el fin de utilizar aquel de mayor sensibilidad en la detección del parásito en muestras de agua. Materiales y métodos. La detección y tipificación de Cryptosporidium spp., en muestras fecales y de agua, usando inicialmente un método de concentración tanto para las heces como para el agua (formol-éter y el método de floculación inorgánica con carbonato de calcio); la identificación del parásito se realizó por la tinción de Ziehl-Neelsen y la amplificación por Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) de regiones del ADN ribosomal, de genes que codifican para la proteína Hsp70 y del gen que codifica para la proteína de la pared del ooquiste de Cryptosporidium (COWP). La tipificación se realizó por medio de digestión con las enzimas de restricción  SspI, VspI y RsaI. Resultados. La tinción de Ziehl-Neelsen, comprobó la presencia de Cryptosporidium spp., en 10 de las 168 muestras analizadas (humanos, terneros, perros y conejos), la tipificación por PCR, confirmaron 15 muestras positivas para C. parvum y una para C. hominis. Conclusiones. Se demuestra la sensibilidad de la detección de Cryptosporidium, por PCR y su utilidad en el diagnóstico, al registrar la presencia de dos especies del parásito circulando en muestras del municipio de Manizales.