Objetivo: evaluar el efecto de la metodología de aprendizaje basada en proyectos de investigación dirigida, sobre la prevalencia de los enfoques de aprendizaje. Metodología: se administró el cuestionario R-SPQ-2F (Cuestionario de proceso de estudio revisado de dos factores), a una población de 98 estudiantes del curso de fisiología médica de la Universidad de Boyacá, a final de semestre, tras la implementación de proyectos de investigación dirigidos durante el periodo académico. Se determinaron los enfoques, motivos y estrategias de aprendizaje para cada estudiante y se correlacionó la información con las notas en escala numérica al finalizar el curso. Resultados: la mayoría de estudiantes mostraron un enfoque profundo (86.6 %), predominantemente, en intensidad baja (54 %). Se halló una correlación entre el enfoque y la calificación numérica al final del curso. Conclusiones: la implementación de proyectos de investigación dirigidos fue útil para generar un enfoque profundo de aprendizaje en los estudiantes y viéndose reflejado en su rendimiento en escala numérica al final del curso. Sin embargo, la intensidad del enfoque es aún baja y requiere más trabajo en todo el Departamento de Ciencias Básicas a nivel de desarrollo curricular.