La generación de energía es clave para el desarrollo de cualquier país, y las amenazas para el suministro de energía han llevado al gobierno colombiano a establecer políticas nacionales que estimulen los proyectos de generación de energía. En respuesta, este manuscrito informa sobre el impacto económico y la emisión de GEI que se han simulado en este estudio, para evaluar la quema conjunta de carbón y bagazo en los sistemas de cogeneración de la industria del etanol en el Valle del río Cauca, en Colombia, como una oportunidad para aumentar los beneficios económicos, debido al aumento en la venta de electricidad a la red nacional en las fuertes temporadas secas. Este estudio se realizó utilizando el software de modelado Biorrefinería Virtual de Caña de Azúcar (BVC), utilizado para la simulación de parámetros agrícolas e industriales en alternativas integradas para la industria de la caña de azúcar. La BVC, que se ajustó a las condiciones colombianas para permitir simular la producción actual de electricidad en los ingenios de caña de azúcar de la región estudiada. La evaluación económica del proceso de quema conjunta en el sistema de cogeneración demuestra que este proceso industrial representa una oportunidad para aumentar los beneficios económicos de alrededor del 26 %. Sin embargo, la combustión del carbón en la caldera genera aproximadamente el 54 % de las emisiones totales de GEI para el consumo de carbón, mientras que la quema de bagazo corresponde a solo el 5 %.