RESUMEN: Introducción. Los métodos utilizados de manera rutinaria para la determinación del perfil lipídico en humanos, una especie con patrón metabólico LDL, deben evaluarse para su uso en la determinación del perfil lipídico en especies con patrón HDL. Objetivo. Comparar el método directo y el método de precipitación para la  determinación del colesterol HDL, en una especie con patrón HDL. Materiales y métodos. Fueron tomadas en estado de ayuno, muestras de sangre de 200 equinos de diferentes edades sin discriminación del sexo o edad. Luego de extraer el suero, fueron determinados los niveles de colesterol HDL mediante el método directo, posteriormente fueron determinados los niveles de colesterol HDL utilizando el método de precipitación. Los resultados fueron analizados estadísticamente mediante Anova de una vía. Resultados y discusión. El método directo reportó valores (mg/dl) de promedio mínimo, máximo, rango y desviación estándar de 62.2; 37; 101; 64; 10.7 respectivamente, mediante el método de precipitación se obtuvieron valores (mg/dl) de promedio mínimo, máximo, rango y desviación estándar de 62.14; 40; 101; 61;2.8  respectivamente. El valor de P en el test F, es mayor o igual a 0.05, por lo cual, no se evidencia diferencia estadísticamente significativa a un nivel de confidencia del 95% entre los valores obtenidos por los dos métodos. Conclusión. Pueden ser utilizados cualquiera de los dos métodos analizados para la determinación del colesterol HDL, en especies con patrón HDL.