El agua de los ríos durante su trayecto sufre contaminación natural o antrópica, deteriorando su calidad; una herramienta que permite cualificar este impacto son los índices de contaminación (ICO). El objetivo del trabajo fue evaluar la variación espacial y temporal de los ICO del agua de la microcuenca altoandina del río Chumbao. El estudio comprendió el tramo 13°46’38.4” S, 073°15’32.3” O y 4079 m de altitud a 13°35’26.4” S, 73° 27’00.8” O y 2572 m de altitud. Se determinaron parámetros físicos, químicos y microbiológicos del agua, en 08 puntos del río, en temporada de estiaje y lluvia, y fueron agrupados para el calculó del ICO por mineralización (ICOMI), materia orgánica (ICOMO), sólidos suspendidos (ICOSUS) y trófico (ICOTRO). Los índices fueron categorizados de 0.0 (ninguna contaminación) a 1.0 (muy alta contaminación). Los datos se recolectaron por triplicado y evaluados con un ANOVA y test Tukey. Se encontró que ICOSUS, ICOMI E ICOMO en los puntos cercanos a la cabecera de cuenca reportaron ninguna y baja contaminación, e incrementaron considerablemente en las zonas urbanas llegando a niveles de altamente contaminado, mientras que el ICOTRO reporto estado eutrófico, con niveles de contaminación mayores en temporada de estiaje. Las aguas del río Chumbao por encima de 2900 m de altitud y cercanos a la cabecera de la microcuenca, presenta ninguna contaminación, y en la zona urbana el incide de contaminación es alta.