Introducción: La soya Glyciine max L. Merrill (Leguminosae: Papilionoidae) corresponde a uno de los principales cultivos en el Brasil, por lo tanto, constantemente se ve afectada por la presencia de plagas defoliadoras, como Anticarsia gemmatalis (Hübner, 1818) (Lepidoptera: Noctuidae). No obstante, algunas variedades de soya contienen compuestos químicos que pueden cumplir funciones de defensa contra estas, como los flavonoides. Objetivo: Este trabajo se propuso evaluar los efectos del consumo de plantas susceptibles, resistentes y de flavonoides sobre el intestino medio de las larvas de Anticarsia gemmatalis. Metodología: Las larvas de Anticarsia gemmatalis fueron alimentadas con hojas de plantas de soya susceptibles, resistentes, y una dieta artificial que contenía la misma concentración de flavonoides encontrados en la planta. Inicialmente, se realizaron análisis de sobrevivencia, tiempo de desarrollo y peso, y posteriormente se diseccionó el intestino medio de las larvas en el 5º instar de desarrollo y se realizaron análisis histopatológicos. Adicionalmente, hojas de soya se expusieron a defoliación por parte de Anticarsia gemmatalis, y se realizó extracción de metabolitos secundarios y análisis de flavonoides, daidzeina, quercetina y rutina, por cromatografía de alta performance (HPLC). Resultados: Las larvas alimentadas con la variedad de soya resistente tuvieron una menor ganancia de peso en comparación con la susceptible.  Por lo otro lado, la sobrevivencia de Anticarsia gemmatalis se redujo en la dieta artificial que contenía los tres flavonoides en comparación con el control. Los análisis histopatológicos mostraron cambios morfológicos causados por la soya IAC-PL1 como, deformación de células columnares y reducción en el número de células regenerativas; en las larvas alimentadas con IAC-17 se observaron rupturas en la células columnares y deformación en las células del cáliz y en las alimentadas con la IAC-24 se generó desprendimiento del epitelio de la pared muscular y aumento en las vacuolas del citoplasma de las células columnares. Todas las dietas artificiales suplementadas con los flavonoides presentaron cambios morfológicos similares a los ocasionados por la soja resistente. Las plantas presentaron mayores concentraciones de los flavonoides analizados. Conclusiones: Las variedades de soya resistente al igual que las dietas suplementadas con los flavonoides daidzeina, quercetina y rutina, ocasionan daños en el intestino medio de las larvas de Anticarsia gemmatalis, originando alta mortalidad y menor ganancia de peso en comparación con el control. Los flavonoides estudiados, en conjunto, pueden encontrarse relacionados con la deficiencia en el desarrollo y el aumento de la mortalidad en Anticarsia gemmatalis.