En este trabajo se determinó la variabilidad genética de 30 accesiones de papa nativas (Solanum tuberosum L.) del banco de germoplasma que administra la Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria (Corpoica), mediante cinco marcadores moleculares de tipo microsatélites (SSRs). En total, se identificaron 33 alelos con un rango entre 2 (STMS1049) hasta 10 (STMS1106), donde el contenido de información polimórfica (PIC) varió entre 0,368 (STM1049) hasta 0,574 (STM2022). El análisis de agrupamiento distribuyó las 30 accesiones de papas en siete grupos genéticos, con índices de similitud que oscilaron entre 0,452 (1231) hasta 0,841 (1439). A partir de los resultados obtenidos se puede concluir que con el uso de los marcadores moleculares empleados el material presentó variabilidad, poniendo en manifiesto el gran valor que tiene esta colección para los programas de mejoramiento genético de la especie.