La descomposición de la materia orgánica sumergida posterior al proceso de inundación de un embalse y la materia orgánica transportada por los tributarios que surten éste, da lugar a la formación de gases de efecto invernadero (GEI) como el CO2 y CH4, producto de los procesos biológicos aerobios y anaerobios que se llevan a cabo tanto en la superficie como en el fondo. En este estudio se comparó la dinámica de los procesos aerobios y anaerobios, y la generación de gases de efecto invernadero en la degradación de la materia orgánica presente en el agua de un embalse tropical, empleando reactores en batch y material vegetal extraído de la franja de protección de este. Asimismo, se evaluó el comportamiento de la variación de la DQO, parámetros fisicoquímicos como el pH, oxígeno disuelto, potencial redox y conductividad, y se definieron las constantes cinéticas que representan el comportamiento de la materia orgánica. Los resultados demostraron que la degradación del material orgánico da lugar a la generación de GEI, sin embargo, al emplear agua más material vegetal, los GEI aumentaron considerablemente después de un tiempo, proceso que se debe a que el material vegetal sufre el rompimiento de sus cadenas poliméricas y se puede degradar más rápidamente, lo que incrementa la concentración de materia orgánica disponible para los microrganismos. Los valores de GEI fueron en promedio de 10.290 g CO2eq/m2.d solo con agua y 24.536 g CO2eq/m2.d con agua y material vegetal para los procesos aerobios, mientras que en los procesos anaerobios fueron en promedio de 12.056 g CO2eq/m2.d solo con agua y 33.470 g CO2eq/m2.d con agua más material vegetal. Estos resultados a escala de laboratorio permiten analizar el comportamiento del embalse y la incidencia que tiene el material vegetal inundado sobre los GEI.