El crecimiento acelerado de la población, la elevada producción de agua residual y su falta de tratamiento, junto con la concienciación de la sociedad respecto de la calidad ambiental, han llevado a la búsqueda de sistemas de depuración eficientes, económicos, fáciles de operar y que permitan considerar el agua residual como un recurso. Los humedales construidos son sistemas de tratamiento promisorios para este fin, pero la investigación sobre los microorganismos involucrados en la transformación de los nutrientes en estos humedales es aún incipiente. En este estudio se reportan los resultados de la cuantificación de bacterias nitrificantes y desnitrificantes asociadas a la rizosfera y a la biopelícula formada en dos humedales construidos (HC), un humedal artificial de flujo subsuperficial y uno de flujo superficial, los cuales fueron sometidos a distintas cargas hidráulicas y diferentes especies vegetales: Heliconia psittacorum, Lemna minor y uno con Heliconia psittacorum como control. El humedal con Lemna minor presentó mayor densidad de bacterias desnitrificantes y fijadoras de nitrógeno. El elevado número de las poblaciones encontradas, sugiere la importante actividad metabólica y dinámica de estos microorganismos en los sistemas de humedales construidos.