Considerando la heterogeneidad socioeconómica y cultural de la población colombiana —la cual conlleva a un menor acceso y permanencia en el sistema educativo de los niños, niñas y adolescentes indígenas—, el Gobierno Nacional ha desarrollado un programa de alimentación con enfoque diferencial para estos estudiantes. Aunque el Banco Mundial (2022) desarrolló un análisis de la implementación del Programa de Alimentación Escolar para Pueblos Indígenas (PAEPI), aún no se ha evaluado su impacto. Por tanto, este artículo busca establecer si la implementación del programa tuvo un impacto positivo en la matrícula de estudiantes indígenas. Para ello, fue estimado un modelo de diferencias en diferencias con datos de 24 departamentos durante el periodo 2017-2021. Aunque se encontró que el impacto del PAEPI en la matrícula de estudiantes indígenas no es estadísticamente significativo, el artículo proporciona evidencia del efecto potencial que puede tener esta política, dado que se observó un impacto positivo en este indicador. En consecuencia, este artículo respalda la adopción de tratamientos diferenciales para potenciar el impacto de las políticas públicas.