Entre mayo del 2003 y abril del 2004, en la ciénaga El Eneal, municipio de San Onofre-Sucre, se midieron los perfiles de temperatura del agua, oxígeno disuelto, pH, conductividad eléctrica y salinidad a través de un diseño nictemeral. Se encontró que el sistema es un ambiente completamente mezclado desde el punto de vista térmico debido a la acción de los vientos, de su morfología y de su ubicación cerca de la línea costera. También, se halló que esta ciénaga costera es un ambiente oligohalino en época seca; sin embargo, la mayor parte del tiempo el sistema puede considerarse como un ambiente limnético. En épocas prolongadas de sequía, la salinidad alcanzó su valor máximo de 3,4 ppm, lo cual podría constituir un factor limitante para comunidades de organismos estrictamente limnéticos.

Entre mayo de 2003 y abril de 2004, se determinó la productividad primaria y el contenido de sustancias húmicas en la ciénaga El Eneal. En la zona pelágica se dispusieron los ensayos de medición de la productividad y se tomaron muestras de agua para el análisis de las sustancias húmicas. El sistema cenagoso del Eneal, presentó un estado oligotrófico, con una reducida producción en la época de lluvia. En contraste en época seca, cuando disminuye el nivel de agua, la producción aumentó y los niveles de oxígeno se incrementaron, debido a la presencia de la macrófita sumergida Najas guadalupensis. Esto, se asoció a la baja presencia de plancton y de nutrientes biodisponibles.