La desinfección superficial y la germinación de los propágulos, empleados en inoculantes basados en hongosformadores de micorrizas arbusculares (HFMA), son unrequisito de suma importancia para el exitoso establecimiento de la simbiosis bajo condiciones in vitro. El presente trabajo evaluó un protocolo para establecer un método de desinfección y germinación de esporas y fragmentos de raíces con vesículas del HFMA, Glomus sp. (GEV02) en condiciones in vitro. Se realizó la desinfección de esporasde Glomus sp. (GEV02) utilizando una combinación de varios agentes desinfectantes, a partir del uso de cloramina T, hipoclorito de calcio, y de antibióticos. Para los fragmentosde raíces micorrizados como complemento a la utilizaciónde los agentes desinfectantes mencionados anteriormentese aplicó un tratamiento de ultrasonido antes de realizarel proceso de desinfección. Adicionalmente, se empleó unmétodo de germinación de esporas y fragmentos de raícesmicorrizados de Glomus sp. (GEV02), utilizando diferentes concentraciones de flavonoide 3,5,7,3’,4’-pentahidroxiflavona. Los resultados reflejaron el efecto positivo de losdesinfectantes hipoclorito de calcio (1%), cloramina T (2%)+ 2 gotas de tween 20, seguido de una solución antibiótica que contenía 200 mg de estreptomicina sulfatada y100 mg de gentamicina sulfatada sobre los porcentajes decontaminación de los propágulos infectivos, así como elempleo del flavonoide 3,5,7,3’,4’ pentahidroxi flavona (5μM) durante la germinación. Este estudio permitió contarcon una nueva metodología que garantizó la germinación rápida y exitosa de las esporas y fragmentos de raíces con vesículas del HFMA, Glomus sp. (GEV02) en ausencia de contaminación.