La presencia de hongos en la leche puede ser un indicador de deficiente higiene o de enfermedad en la glándula mamaria. Se planteó como objetivo identificar la presencia de agentes micóticos en leche; para ello, se tomaron, procesaron y analizaron 14 muestras de leche provenientes de los tanques de enfriamiento de nueve fincas con sistemas especializados de producción de leche, ubicadas, en su mayoría, en la Sabana de Bogotá, cuenca de trópico Alto. Las muestras fueron transportadas en elementos isotérmicos, entre 3-4 °C, al laboratorio del CNLM en Bogotá D.C., en donde se realizaron diluciones de 10-1 con Lactato Ringer para la siembra de 1 mL en el sustrato cromógeno de placas Compact Dry YM, especiales para aislamiento de levaduras y mohos por formación de colonias identificables mediante escala cromática, avaladas por la AOAC. Al término de la incubación se evidenció formación de, al menos, dos colonias por placa, siendo más prevalentes las de color azul (78,6 %), compatibles con la levadura Candida spp., y en menor porcentaje colonias algodonosas, compatibles con Aspergillus spp. (14,3–28.6 %), lo cual confirma la presencia de hongos en todas las muestras de leche; en consecuencia, esta condición sugiere un factor que pone en riesgo la inocuidad y calidad de la leche y sus derivados.