La minería ilegal en Colombia se ha constituido como uno de los delitos de menores novedades en el sistema judicial del país.Dentro de su dinámica de expansión en las regiones de Colombia, la minería es una de las actividades que más impactos adversos genera no sólo en el medio ambiente, sino también en la integridad de las comunidades étnicas, cuando ésta es desarrollada de manera ilegal en sus territorios. En este artículo se realiza un estudio sobre las bases jurídicasy tipos penales de la minería ilegal en el marco normativo ambiental y penal de Colombia, tomando como caso central las investigaciones penales y administrativas adelantas por minería ilegal en la región de San Juan del Departamento del Chocó durante los años 2005 a 2011. La efectividad del aposento jurídico de la actividad minera cuando se desarrolla sin el cumplimiento de los requisitos de ley, por un lado está supeditada a la poca capacidad técnica y de control administrativo y judicial de las autoridades ambientales de las regiones.Y por otro lado, el sistema judicial del país, como en el caso del departamento del Chocó, no está familiarizado con este tipo penal, afectando las garantías constitucionales de las comunidades que habitan en los territorios, y de la preservación y conservación del medio ambiente.