Objetivo: Analizar los procedimientos técnicos y de diagnóstico en la detección de genotipos del virus del papiloma humano (VPH) en muestras con cáncer de cuello uterino. Métodos: Se tomaron tejidos incluidos en parafina de 268 casos de cáncer de cuello uterino, procedentes de Barranquilla y Bogotá. Se verificó el diagnóstico histológico mediante nuevos cortes y se analizó la calidad de las muestras mediante amplificación del gen de B-globina. En muestras B-globina negativas se realizaron nuevos cortes y nueva amplificación. La detección de VPH se realizó mediante iniciadores GP5+/GP6+ biodirigidos hacia la región L1, y tipificación mediante EIA y RLB. En las muestras negativas para GP5+/GP6+ se desarrollaron PCR tipo específicas hacia la región E7 de 14 tipos de VPH de alto riesgo. Resultados: De las 268 muestras iniciales, 20 (7,46%) tuvieron diagnóstico histológico inadecuado; 55/248 muestras fueron inicialmente B-globina negativas, pero 29 se recuperaron con una segunda PCR realizada, dejando 26 B-globina negativas (10,5%). Se detectó VPH en 210/222 muestras adecuadas mediante GP5+/GP6+ (94,6%), y en 7 muestras adicionales (3,15%), mediante iniciadores dirigidos hacia E7. No se detectó infección en 2,25% de los casos. Se encontraron 24 tipos de VPH; los más prevalentes fueron el VPH-16 (50,9%), VPH-18 (12,7%), VPH-45 (8,8%), VPH-31 (6,5%) y VPH-58 (6,0%). Hubo un 16,6% de infecciones múltiples. Conclusión: El adecuado procesamiento y diagnóstico de las muestras y el uso de pruebas combinadas hacia las regiones L1 y E7 permiten una estimación óptima de la prevalencia de la infección en muestras incluidas en parafina.