Introducción: la cultura organizacional es definida como la conciencia colectiva que se expresa en el sistema de significados compartidos por los miembros de la organización que los identifica y diferencia de otros; además, esta marca las pautas de comportamiento de las personas de la organización. Objetivo: identificar la percepción que tienen los empleados del sector salud acerca de la cultura organizacional en las instituciones públicas y privadas en el Valle de Aburrá, Colombia. Materiales y métodos: se realizó un estudio cuantitativo, de corte transversal, se aplicaron encuestas a 224 empleados de instituciones prestadoras de servicios de salud de mediana y alta complejidad. Resultados: el 79 % de los investigados manifestaron que en la institución existen mecanismos para evaluar inquietudes, dudas e ideas, especialmente en las instituciones públicas y de alta complejidad. El 44 % declaró tener excelente comunicación con sus superiores y compañeros de trabajo. El 62 % asumió positivamente el cambio en los procesos institucionales, con mayor participación para el sexo femenino. Discusión: la adecuada cultura organizacional de las instituciones de salud de mediana y alta complejidad contribuye a la generación del conocimiento, al logro de los objetivos institucionales y a la sostenibilidad de la organización en un mercado de salud cada vez más complejo. Conclusión: la mayoría de los empleados perciben que el clima organizacional en sus instituciones es bueno.