ResumenSe da la información general sobre los fármacos antiprotozoarios que están usándose en clínica, se discuten nuevas dianas  de los parásitos protozoarios útiles en la búsqueda de nuevos agentes antiprotozoarios, enfocando la atención al rol biológico de las proteasas de los parásitos protozoarios. Esta información será útil para los estudiantes e investigadores que se interesen a los problemas de química medicinal(un área naciente en colombia) cuál aporta mucho al desarrollo  de ciencias médicas.[Kounznetsov V, MeléndeZ C, Búsqueda de nuevos agentes  antiprotozoarios selectivos. MedUNAB 2009;12:33-45].Palabras Clave: Agentes antiprotozoarios, Proteasas, Tripanosomiasis, Leishmaniasis, Malaria.