La rabia es una zoonosis viral de distribución mundial que afecta el sistema nervioso central, epidemiológicamente, por su forma de trasmisión se ha clasificado en dos categorías: la forma urbana, asociada a caninos y felinos, y la selvática, a murciélagos hematófagos. En Colombia se aisló en 1968 el primer virus rábico, del murciélago vampiro (Desmodus rotundus), y desde entonces la población se ha visto afectada históricamente por brotes urbanos y selváticos. El objetivo de este trabajo fue analizar 19 secuencias parciales de la proteína N de la nucleocápside del virus de la rabia reportadas en Colombia y depositadas en el GenBank entre 1994 y 2008, para establecer su relación filogenética. El árbol filogenético mostró 4 grupos monofiléticos. Epidemiológicamente se presentan dos formas de trasmisión del virus (ciclo urbano y selvático), con implicaciones en salud pública, por lo que se hace necesario implementar medidas de prevención y control que disminuyan el impacto sobre la población humana.