El curso de las infecciones micóticas lo determina principalmente la interacción del agente con los diferentes mecanismos de defensa naturales y específicos del hospedero. Las defensas naturales pueden ser físicas, químicas y celulares. Los factores que predisponen a la invasión micótica se reconocen tanto en los hongos como en el hospedero y les corresponde enfrentar la primera línea de defensa; de ello resulta que se establezca o no el proceso infeccioso; en algunas ocasiones esta primera respuesta es suficiente para limitar la infección pero existen hongos cuyo poder patógeno activa la producción de sustancias que dañan los tejidos o de componentes que inhiben las funciones de la fagocitosis, por lo cual el sistema inmune cuenta con una segunda línea de defensa: La inmunidad mediada por células. En la actualidad los estudios experimentales de la respuesta inmune a la infección micótica utilizan las citoquinas como herramienta para el diagnóstico y control de algunas micosis por considerarlas como las principales sustancias reguladoras del proceso inmune.