El cultivo de la soya (Glycinemax (L.) Merril), en oxisoles de la Orinoquia colombiana presenta restricciones por la alta saturación de aluminio y en general, baja capacidad de intercambio catiónico (CIC) y de materia orgánica (MO), que afectan la fijación biológica del nitrógeno (N) y el crecimiento normal de las plantas. Una alternativa ambiental, a este problema es inocular las plantas con diferentes cepas de Bradyrhizobium japonicum. Las cepas de B. japonicum J-96 y J-98 se constituye en una opción de fijación biológica de nitrógeno altamente efectivas para las variedades de soja, en la Orinoquia colombiana. En este trabajo se determinaron los patrones moleculares de cepas J-01, J-96 y J-98, a partir de los primers Box-PCR y Eric- PCR. Se logró establecer diferencias genéticas entre estas, las cuales pueden ser de utilidad para complementar futuros programas de identificación de individuos, estudios poblacionales y selección asistida. Las cepas de B. japonicum J-96 y J-98, constituyen nuevas opciones de variedades biológicas para fijación de nitrógeno de soya altamente eficaces en el Orinoco colombiano.