El desarrollo de mecanismos de prevención y control frente a los microorganismos nosocomiales son esfuerzos importantes para desarrollar en los hospitales tanto humanos como veterinarios. Entre las estrategias encaminadas a reducir la flora microbiana patógena y la resistencia a múltiples fármacos en los hospitales, se encuentran la reducción de la diseminación de microorganismos por parte del personal a los animales, evitar la adquisición de microorganismos de equipos hospitalarios y de infraestructura, la realización de programas permanentes de limpieza, desinfección y esterilización y un uso racional de los antimicrobianos. Elpresente artículo describe los principios fundamentales del control microbiológico hospitalario, basado en el contexto médico veterinario en Colombia.