La internacionalización de la investigación se ha convertido para los países emergentes en una herramienta de cara al desarrollo de sus capacidades en ciencia, tecnología e innovación. Esta investigación buscó comprender cómo se gestionan los procesos de internacionalización de la investigación desde una perspectiva de gestores de la internacionalización de universidades colombianas, con el fin de exponer implicaciones para el desarrollo de este tema en países emergentes. Para esto, se realizó un grupo focal cuyos datos fueron analizados con el análisis cualitativo de contenido. Se debe trabajar en la construcción de capacidades para poder gestionar proyectos transnacionales. En Latinoamérica el bilingüismo es un reto, también la falta de competencias para publicar en revistas de impacto y la administración de recursos de la cooperación internacional. Para avanzar, las instituciones deben alinear los intereses de investigación con problemas trasnacionales, crear equipos internos de trabajo y realizar seguimientos y mediciones de impacto.