La investigación tiene como objetivo comparar las relaciones teóricas, conceptuales y metodológicas de la competencia indagación con las concepciones que tienen los docentes de ciencias naturales de la Institución Educativa Rural Zapata del departamento de Antioquia y su influencia en las prácticas de aula. El trabajo de campo se enmarca en una investigación comparativa con un diseño transeccional contemporáneo univariable de fuente mixta, siguiendo las fases que identifican esta investigación: fase descriptiva, fase analítica y fase comparativa. Las técnicas para recolectar la información fueron la entrevista en profundidad, la observación y sistematización en diarios de campo de los procesos de enseñanza y aprendizaje, y la triangulación, las cuales permitieron caracterizar las concepciones, comprobar su materialización en las prácticas de aula y compararlas con los referentes teóricos que sustentan la estructura de la competencia indagación. Los resultados demostraron que existe una correspondencia entre las declaraciones docentes y los procesos de enseñanza, pero cierta discrepancia entre la teoría establecida y las concepciones. Por tanto, se concluye que los docentes de ciencias naturales tienen acercamientos parciales sobre aspectos conceptuales y metodológicos de la competencia que se materializan en sus prácticas pedagógicas, generando así un proceso de formación en ciencias que está en los niveles iniciales y que requiere de un mejoramiento.