Durante los meses de febrero, mayo, agosto y octubre del año 2014, se evaluó la calidad del agua del río San Juan. Para tal fin se establecieron seis puntos de muestreo donde se recolectaron muestras de agua y macroinvertebrados acuáticos para los análisis fisicoquímicos e hidrobiológicos. Se aplicaron y modificaron los índices bióticos EPT (efemerópteros, plecópteros, tricópteros), BMWP/Col (Biological Monitoring Working Party) y ASPT (Average Score per Taxon) basados en las comunidades de macroinvertebrados acuáticos capturados. Los resultados de las variables fisicoquímicas y los índices bióticos indican que las estaciones E1 y E2 son las que presentan menor grado de contaminación, en las demás estaciones disminuye considerablemente la calidad del agua debido a las actividades económicas desarrolladas en el sector y a su cercanías con el casco urbano del municipio de Andes. De los tres índices analizados, el ASPT modificado y adaptado al río San Juan es el que mejor se relaciona con las condiciones ambientales del río en tanto las características de los macroinvertebrados acuáticos recolectados y analizados en el trayecto objeto de estudio.