Entre agosto de 2006 y marzo de 2008 se determinó la presencia de bacterias asociadas a la oxidación de hierro y manganeso en el límite de zona fótica (LZF) y en el fondo del hipolimnio (FH) en siete estaciones del Embalse Riogrande II en función de la disponibilidad de estos metales. Se realizaron mediciones in situ de temperatura del agua, oxígeno disuelto, pH, potencial redox y conductividad eléctrica. En el fondo del hipolimnio con niveles de oxígeno disuelto ≤ 4mgL-1 solo se encontró presencia de las bacterias oxidantes de hierro compatibles con Gallionella sp, Sphaerotilus sp, Beggiatoa sp y estructuras compatibles con bacterias prostecadas. El mayor número de estas bacterias se observó en el brazo de Río Grande (E4) en donde los niveles de hierro soluble fueron superiores a 1,4 mgL-1. No se encontró presencia de bacterias dependientes de la oxidación del manganeso.