El comercio del café es uno de los renglones económicos más importantes a nivel mundial, sin embargo, también es susceptible a contaminaciones desde su cosecha hasta su transformación. Para la realización de este estudio se recolectaron muestras de café cereza procedentes de diferentes municipios productores de Norte de Santander y posteriormente en el laboratorio se aislaron y caracterizaron fenotípicamente los siguientes agentes fúngicos del grano de café: Aspergillus spp., Penicillium spp., Fusarium spp., Cladosporium spp., Mucor spp. y Rhizopus spp. con ayuda de claves taxonómicas. Los hongos que presentaron una alta incidencia fueron Aspergillus spp. y Fusarium spp. Entre las tres variables fisicoquímicas analizadas en el café cereza (pH, actividad de agua, % de humedad) se puede afirmar con certeza que la actividad de agua y el porcentaje de humedad influyen directamente en el número y tipo de aislamientos fúngicos obtenidos.