En este escrito se analizan tres casos clínicos de investigación donde se solicita la participación de menores de dieciocho años. La investigación en menores reviste uno de los mayores retos para la bioética y las sociedades actuales en general, pues allí se generan algunas de las tensiones y problemas más sentidos en lo que tiene que ver con la garantía de derechos en investigación clínica, las responsabilidades de los diferentes actores y cómo se propende, en últimas, por mejorar la calidad de vida sin afectar el derecho a la investigación y la producción de nuevo conocimiento. El objetivo fue tratar de establecer la manera en que se ejerce la autonomía, teniendo en cuenta aspectos éticos y normativos en investigación clínica en menores. Para ello, se utilizó la perspectiva metodológica de casos, donde se develan las tensiones y los problemas éticos, y se revisan los documentos internacionales, así como la normatividad nacional al respecto.