La remoción de emisiones de gases de efecto invernadero por acumulación en biomasa y/o suelo en ecosistemas terrestres es una forma de mitigar el cambio climático. Los sistemas agroforestales (SAF) bien diseñados y bien manejados son tecnologías “ganar-ganar”, ya que incrementan la producción y generan servicios ambientales. Se estimó el carbono almacenado en SAF café (Coffea arabica) -laurel (Cordia alliodora) y café-poró (Erithryna poeppigiana) y en bosques secundarios ubicados en tres pisos altitudinales (PA) del Corredor Biológico Volcánica Central-Talamanca (CBVCT), Costa Rica. Se establecieron parcelas temporales de muestreo en donde se estimó la biomasa aérea y de raíces, la necromasa y el carbono orgánico del suelo. Se utilizaron ecuaciones alométricas para bosques tropicales y las especies presentes en los SAF y una fracción de carbono de 0,5. El carbono total almacenado fue en promedio 171,3 Mg C ha-1, de los cuales 102,0 Mg C ha-1 estuvieron en 0-30 cm de suelo, seguido de la biomasa aérea, abajo del suelo y la necromasa (53,7; 10,9 y 4,3 Mg C ha-1, respectivamente. El bosque secundario que almacenó mayor carbono (271,7 Mg C ha-1; p = 0,001), seguido del SAF poró-café (129,1 Mg C ha-1) y, por último el SAF laurel-café (113,2 Mg C ha-1). Se encontraron diferencias estadísticas (p = 0,004) en el carbono almacenado en la biomasa total y en el suelo entre los PA. En contraste, no se presentaron diferencias significativas (p = 0,73) en el carbono total almacenado entre los PA.